La décision de classement du marais de Larchant en Réserve Naturelle Régionale a été priseafin de mieux conserver et d'augmenter la biodiversité. Elle  prévoit une règlementation concernant en particulier l'introduction d'espèces animales ou végétales non domestiques et/ou invasives, les atteintes portées à la faune et à la flore, le dérangement des animaux, la réalisation de travaux et de constructions, la destruction ou la modification des territoires dans leur état ou leur aspect. Elle fixe les conditions de visite du public.

La Réserve appartient également à plusieurs périmètres protégés :
- Réserve de biosphère du pays de Fontainebleau, programme MAB (Man And Biosphere) de l'UNESCO (1998)
- Site Natura 2000 du massif de Fontainebleau, ZSP (Zone de Protection Spéciale, directive « Oiseaux », 1979) et ZSC (Zone Spéciale de Conservation, directive « Habitats faune flore », 1992)
- Forêt de protection Massif de Fontainebleau, statut créé en 1922 pour le maintien des sols en montagne et la défense contre les risques naturels, élargi en 1976 aux forêts périurbaines
- Site Classé Bois de la Commanderie, de Larchant et de la Justice

Fontaine ronde et grande roselière inondée, juin 2009