Son régime hydrologique à fluctuations pluriannuelles constitue l'originalité du marais: après quelques années de hautes eaux, il se vide lentement comme une baignoire ou un siphon désamorcé, laissant à nu les racines des arbres (saules "à disques"), avant de se remplir à nouveau. Cette alternance sur plusieurs années entre périodes de hautes eaux et période d'étiage (d'une amplitude d'environ 1,5 m) influe sur la constance à moyen terme des habitats, et constitue la particularité la plus singulière du marais.

Circulation des eaux dans le golfe de Larchant